Elektroforeza gel dikare di orîjînalek an jî vertîkal de were meşandin. Gellên vertîkal bi gelemperî ji matrixek acrylamide pêk tê. Mezinahiyên pora van gêlan bi giraniya pêkhateyên kîmyewî ve girêdayî ye: porên gêla agarose (100 heta 500 nm diameter) li gorî ya gelporên acrylamide (bi dirêjahiya 10 heta 200 nm) mezintir û kêmtir yekreng in. Bi berawirdî, molekulên ADN û ARNyê ji rêzikek xêzikî ya proteînê mezintir in, ku bi gelemperî berî, an di dema vê pêvajoyê de têne denaturîzekirin, analîzkirina wan hêsantir dike. Ji ber vê yekê, proteîn li ser gêlên acrylamîd (beralî) têne xebitandin. Ew fonksiyona avêtina gêlan di pozîsyona orjînal de bi cîhaza meya avêtina gêlê ya taybetî ya sêwirandî heye.
